Agenta FBI Mulder in Scully, bivša preiskovalca primerov iz Dosjejev X, se morata znova boriti proti senčnim vladnim akterjem in odkriti resnico o zaroti, ki morda obsega naselitev nezemljanov na Zemljo.
V prvem filmu smo spoznali nesrečnega znanstvenika Setha Brundlea, ki se je zaradi ponesrečenega eksperimenta, pri katerem so se zamešale njegove molekule z molekulami navadne muhe, spremenil v grotesknega mutanta. Usodne napake ga je rešil strel ljubimke Veronice, ki je kasneje v strahu...
