Tommy Lee Jones in Will Smith se vračata v drugem delu akcijske komedije, kjer možje v črnem lovijo uporne Nezemljane. Človeštvo ogroža čedna zapeljivka, v resnici vesoljska pošast, ki hoče uničiti Zemljo. K in J morata spet v akcijo.
Agenta FBI Mulder in Scully, bivša preiskovalca primerov iz Dosjejev X, se morata znova boriti proti senčnim vladnim akterjem in odkriti resnico o zaroti, ki morda obsega naselitev nezemljanov na Zemljo.