Borci za svobodo Neo, Trinity in Morpheus se še naprej upirajo vojski digitalnih strojev z umetno inteligenco. Da bi preprečili iztrebljenje človeštva, morajo še bolje spoznati Matrico in ključno Neovo vlogo v igri za usodo sveta.
Možje X so mutanti. Človeška bitja, ki so genetsko mutirala in dobila nadčloveške sposobnosti. Senator Robert Kelly proti mutantom sproži pravo gonjo in celo predlaga zakon, s katerim bi se jih dalo izobčiti. Medtem profesor Charles Xavier skupino mutantov uči, da morajo s svojimi...
