Računalniški heker Neo odkrije pretresljivo resnico: življenje, kakršnega pozna, je digitalna simulacija, ki jo vodi zlobna kiber-inteligenca. Pridruži se odporniškemu gibanju, ki se trudi uničiti iluzijo sveta, v katerem so ljudje sužnji.
Borci za svobodo Neo, Trinity in Morpheus se še naprej upirajo vojski digitalnih strojev z umetno inteligenco. Da bi preprečili iztrebljenje človeštva, morajo še bolje spoznati Matrico in ključno Neovo vlogo v igri za usodo sveta.