Borci za svobodo Neo, Trinity in Morpheus se še naprej upirajo vojski digitalnih strojev z umetno inteligenco. Da bi preprečili iztrebljenje človeštva, morajo še bolje spoznati Matrico in ključno Neovo vlogo v igri za usodo sveta.
V zaključku trilogije "Matrica" se Neo (Keanu Reeves), Morpheus (Laurence Fishburne) in Trinity (Carrie-Anne Moss) borijo, da bi zadnje človeško mesto Sion ubranili pred ubijalskimi stroji, ki so si podjarmili in zasužnjili človeštvo.
Galaksija je razdeljena zaradi državljanske vojne in okoreli kapitan Malcolm Reynolds (Nathan Fillion) svoj zaslužek dopolnjuje z manjšimi zločini in transportom s svojo ladjo "Serenity". A ko se izkaže, da sta njegova najnovejša potnika iskana ubežnika, se s svojo nepomembno dejavnostjo...