V zaključku trilogije "Matrica" se Neo (Keanu Reeves), Morpheus (Laurence Fishburne) in Trinity (Carrie-Anne Moss) borijo, da bi zadnje človeško mesto Sion ubranili pred ubijalskimi stroji, ki so si podjarmili in zasužnjili človeštvo.
V bližnji prihodnosti sonce prične ugašati, zato ljudje ustvarijo posebno vesoljsko plovilo, ki bi z detonacijo močne bombe omogočila preživetje na Zemlji. Na dolgi poti se mora posadka spopadati z osamljenostjo in strahom, skrivnosten signal s plovila, ki je poletelo pred njimi, a ni...